เมื่อราชโองการจากกษัตริย์แห่งเยอร์เก้นสมิทช์ ทำให้เฟอร์ดินานจำต้องลาเอเรนเฟสต์ ท่ามกลางปัญหารุมเร้าทั้งภายนอกและภายใน โรเซ่ไมน์ต้องลุกขึ้นแก้ไขปัญหาเพียงลำพัง ชั้นปีที่สามของนักบุญหญิงแห่งเอเรนเฟสต์ได้เริ่มต้นขึ้นแล้ว!!
ฮันเตอร์ ชื่อเรียงของเหล่ามนุษย์ที่มีความสามารถพิเศษในการใช้อนุภาพของเน็นและเอ็น เทียบเคียงกับโลกความจริงนั้นสามารถแปลงความสามารถในความคิดให้กลายมาเป็นอำนาจจริงในรูปแบบนามธรรมและจิตใจ ความนึกคิดให้กลายเป็นของจริงขึ้นมาได้ โลกแห่งนี้มีสมาคมลับที่เรียกกันว่า ฮันเตอร์ x ฮันเตอร์ เพื่อปกครองเหล่า นักรบฮันเตอร์ และมอบหมายภารกิจในการกำจัดหัวโขมยและอาชญากรรมต่าง และจัดการคัดเลือกเหล่า ฮันเตอร์หน้าใหม่ทุกปี โดย กอร์น เด็กหนุ่ม 12 ขวบ อาศัยอยู่กับ น้าสาวชื่อ มิโตะ และคุณยาย อาศัยในเกาะปลาวาฬ ซึ่งเป็นเกาะเล็ก ๆ ที่ชาวประมงอาศัยอยู่กัน โดยกอร์น ได้รับรู้เพียงว่า พ่อและแม่ของเขาเสียชีวิตเนื่องจากอุบัติเหตุ โดยการปิดบังของน้าและคุณยาย แต่ทว่าวันหนึ่งกอร์นได้เข้าไปในป่าและถูกหมีจิ้งจอกแม่ลูกอ่อนทำร้าย ขณะที่เข้าตาจนนั้น ฮันเตอร์ ไคท์ ได้เข้ามาช่วยชีวิตไว้ และไคท์ได้เล่าให้กอร์นฟังว่า พ่อของกอร์นนั้นยังไม่ตาย แต่กลับกัน พ่อของกอร์นยังเป็นฮันเตอร์ระดับ 3 ดาวชั้นแนวหน้า และก็เป็นอาจารย์ของเขาด้วย เมื่อกอร์นได้ฟังและรู้ว่าพ่อของเขายังมีชีวิตอยู่ เขาจึงตัดสินใจที่จะออกตามหาพ่อ โดยสิ่งแรกที่เขาตัดสินใจจะทำคือ ต้องเข้าสอบนฮันเตอร์ให้ได้
เซจุน หนุ่มชาวโซลผู้ด้อยโอกาสทั่วไป ไม่คาดคิดว่าจะได้ปลูกมะเขือเทศเต็มเวลา เมื่อเขาบังเอิญเข้าไปในคุกใต้ดินลึกลับที่เต็มไปด้วยภารกิจมอนสเตอร์และรางวัลสุดอลังการ แต่แล้วเขาก็ได้เป็นชาวนาผู้ปลูกและขายพืชผลทางการเกษตร พร้อมกับเคลียร์ภารกิจมากมายที่เข้ามา เซจุนจะผ่านพ้นคุกใต้ดินนี้ไปพร้อมกับรางวัลสุดหรูหราที่เขาหวังไว้ได้หรือไม่? อย่างน้อยเขาก็มีสิ่งที่จำเป็น นั่นคือ การมองโลกในแง่ดี ความเฉลียวฉลาด และเพื่อนขนปุยผู้ซื่อสัตย์
ซอจุนซึ่งทำงานเก็บเงินเพื่อจ่ายหนี้ให้พ่อแม่ที่เสียชีวิตและไปเรียนที่โรงเรียนนายพราน เขาต้องใช้เงินเก็บทั้งหมดเพื่อการผ่าตัดอันเนื่องมาจากอุบัติเหตุอันรุนแรง ในช่วงเวลาแห่งความสิ้นหวังได้มีโฆษณาแปลกๆปรากฏขึ้น [คุณก็สามารถเป็นผู้ปลุกพลังได้เช่นกัน!] เขาตัดสินใจลงทะเบียนเพราะเขาไม่มีอะไรจะเสียอีกแล้ว [นาย. คิมซอจุน ยินดีต้อนรับสู่ Transcension Academy] สถาบันฮันเตอร์แห่งนี้อยู่ใน ‘มิติ’ ที่แตกต่างจากสถาบันฮันเตอร์อื่นๆ! ในยุคของการศึกษานักล่าเอกชน คุณยังสามารถกลายเป็น ‘ผู้หลุดพ้น’ ได้!
ในโลกที่รูนคราฟต์เฟื่องฟู แวนเกิดมาพร้อมกับรูนอสูร รูนที่ถูกสาปแช่งที่สุดในประวัติศาสตร์ ว่ากันว่านำมาซึ่งแต่ความพินาศ เมื่อจอมเวทผู้ปรารถนาพลังของมันโจมตี แวนสูญเสียทุกสิ่งและถูกผนึกไว้ในมิติหนึ่งที่ถูกตัดขาดจากโลกมนุษย์ เขาจมอยู่กับความสิ้นหวัง แต่กลับถูกขับเคลื่อนด้วยความโกรธแค้นที่ไม่มีวันดับ เขาปฏิเสธที่จะตาย เป็นเวลา 999 ปีที่เขาฝึกฝนคมดาบแห่งการแก้แค้น ในที่สุดเขาก็ไขความลับของรูนอสูร ทลายคุกของเขา และกลับสู่โลกพร้อมกับความพินาศ
อาเคชิ สึบากิ เทรนเนอร์ฝึกหัดผู้ต้องการจะคว้าแชมป์ไกเซนมงโชว ที่ได้พบกับ ซากุระ ลอเรล สาวม้าผู้ไม่มีเทรนเนอร์และต้องการจะเอาชนะ นาริตะ ไบรอัน และเอาชนะไกเซนมงโชวเช่นเดียวกับเธอ นั้นทำให้สึบากิตัดสินใจที่จะฝึกฝนซากุระ เพื่อทำให้เธอกลายเป็นสาวม้าที่แข็งแกร่งที่สุด!
[คุณจะใช้คำแนะนำไหน] ข้อความลึกลับมาถึงฉันในวันเดียวกับที่โลกสิ้นโลกมาถึงเรา และเริ่มเกมเอาชีวิตรอด หอคอยที่ทำให้มนุษย์ไม่ไว้วางใจซึ่งกันและกัน ยุยงให้เกิดการต่อสู้ และนำพามนุษยชาติไปสู่การทำลายล้าง… ฉันจะไม่หวั่นไหว ฉันจะดูตอนจบกับคนที่ฉันไว้ใจ… ใช่ ฉันจะสร้างตอนจบที่มีความสุขกับพวกเขาทั้งหมด!!!